Az Alagút 1857-es átadását követően számos problémával kellett megküzdeni a vízszivárgástól a háborús eseményekig. Az alábbiakban ezt a bő másfél évszázadot tekintjük át.
Az Alagút krisztinavárosi bejárata 6,1 méterrel van magasabban, innen 1,8%-os lejtéssel halad végig rajta az út a lánchídi bejáratig. Szélessége 9,5 méter, magassága 7,85 méter és 10,72 méter között váltakozó. Az Alagút felett közel 40 méterrel található a Szent György tér.
Már az Alagút építése során is feladat volt a szivárgó vizek folyamatos elvezetése. Az építéskor azt remélték, hogy elég, ha a tégla boltozás és a hegy anyaga közötti résekbe köveket tesznek vagy kisebb tárókat építenek. Ez azonban nem oldotta meg a gondokat, a vízszivárgás, a víz lassú pusztító munkája a mai napig is problémaként jelentkezik. A helyzeten csak részben javított, hogy a háború után a Várnegyedben új csatornahálózat épült ki – az esővíz jobb elvezetése pedig csökkentette a leszivárgó víz mennyiségét.
A világítást kezdetben olaj mécsesekkel, később petróleum lámpákkal oldották meg. Kezdetben csak az alsó két métert vakolták fel, felette a tégla boltozat szabadon látható maradt. Az útpálya először fakocka burkolatot, a járda kőlapokat kapott. A századforduló környékén két modernizációt is végrehajtottak: 1896 körül kiskocka burkolattal látták el az útpályát, majd kiépítették az alagút gázvilágítását. Ez utóbbi helyére 1915-ben került villany világítási rendszer. Az 1930-as években már travertin lapokkal burkolták az alagút falának alsó méterét, valamint leaszfaltozták az útpályát. 1962-ben higanygőzlámpás világításra cserélték az elavult régit, de ennek nagyon alacsony volt a fényereje. Az 1973-as nagy felújításnál a korábbi 35 lámpatest helyett 180 darab nátriumgőz lámpát szereltek fel.